Bovenaan de stengels ontwikkelen zich de trossen met typische bloemen. De tros is tamelijk losbloemig en heeft geen duidelijke kuif die bestaat uit boven de bloemen uitstekende schutbladeren. Dit onderscheidt de Gewone vleugeltjesbloem van de Kuifvleugeltjesbloem, die juist zijn naam te danken heeft aan deze kuif van wat langere schutbladeren. Onder elke bloem staat wel een klein schutblad van bijna 2 mm lang. Dit is even lang als de bloemsteel.

De tweezijdig symmetrische bloemen zijn wel heel afwijkend van vorm. Om te beginnen is er een kelk van vijf bladen. Twee van deze kelkbladen, de buitenste, zijn extra groot, ze zijn, tijdens de bloei, gekleurd net als de kroonbladen en staan als twee vleugels naar buiten uit. De Nederlandse naam van het geslacht Vleugeltjesbloem is te danken aan deze twee duidelijk naar buiten staande vleugels (kelkbladen, dus). Je kunt er ook, als je van voren naar de bloem kijkt, een kruis in zien. Dat vind je terug in de Duitse naam Kreuzblümchen. Nog meer bizar zijn de 3 kroonbladen. Ze zijn onderaan vergroeid en het onderste van de drie, de kiel, heeft franje-achtige insnijdingen. Ook dat is een bijzonderheid van het geslacht Vleugeltjesbloem. De overheersende kleur van de kroonbladen en de twee vleugeltjes is diep blauw tot purperroze, maar ook lichte tinten tot witachtig komt ook voor. De 8 meeldraden zijn gegroepeerd in twee bundels van 4 die samen vergroeid zijn tot een van boven open buis. Ze zijn ook vergroeid met de kroonbladen. Het bovenstandig vruchtbeginsel is tweehokkig heeft een stijl en een  knobbelvormig stempel. Bovendien steekt er een soort lepeltje onder dit stempel uit waarin het pollen of stuifmeel uit de rijpe helmhokken wordt opgevangen. Bezoekende insecten, hommels, bijen en een enkele vlinder, het zullen er trouwens niet zo heel veel zijn, wrijven het pollen dan over de knobbel en zorgen voor zelfbestuiving, en, eventueel kruisbestuiving, als het insect trouw alleen Vleugeltjesbloemen bezoekt.

Treedt er geen bestuiving op via bezoekende insecten, dan kan later nog zelfbestuiving optreden doordat de knobbel een beetje verder uitgroeit, ombuigt en zo over het lepeltje wrijft. De vrucht, die zich ontwikkelt, heeft twee hokken met in elk hok een zaad met een mierenbroodje. Mieren zorgen dan voor verspreiding van de zaden.

MM_190903